Il y eut dès le Moyen-Âge deux églises à Sandillon, l’une dédiée à saint Aignan et l’autre à saint Patrice, qui était plutôt la paroisse des écarts et des belles demeures environnantes. Chacune d’entre elles était entourée d’un cimetière. L’église Saint-Patrice fut désaffectée à la Révolution, puis détruite, une plaque située rue St Patrice indique encore son emplacement. Ne reste alors debout que l’église Saint- Aignan, beaucoup plus petite. Au cours de la première moitié du XIXe siècle, l’édifice, qui se dégradait faute de réparations, ne suffisait plus pour accueillir les fidèles. Initialement orientée vers l’est, en direction du soleil levant, comme beaucoup d’églises elle fut à sa reconstruction en 1860-1861 orientée vers le nord.

Le saviez-vous ? Dans l’église, une chapelle a été dédiée à Jeanne d’Arc et bénite par l’évêque d’Orléans Monseigneur Touchet en 1909, lors de la canonisation de l’héroïne. Y fut alors placée une plaque à la mémoire d’Isabelle Romée, la mère de Jeanne d’Arc, qui fut (peut-être) inhumée dans l’ancien cimetière Saint-Aignan, à l’emplacement duquel se situe cette chapelle. Isabelle Romée était en effet venue en juillet 1440 chercher refuge à Orléans ; et nous savons qu’elle a résidé un certain temps chez son fils Pierre du Lys à Sandillon à la métairie de Bagneaux, où, suivant certaines sources, elle serait morte en novembre 1458.